Um mundo com dois reinos: o império de Embla, que quer dominar todos os mundos, e o reino de Askr, que se opõe as ambições emblianas.

Você tem uma habilidade especial de invocar heróis lendários de diferentes mundos de Fire Emblem. Para poder salvar o reino de Askr da destruição, junte-se à Ordem de Heróis e enfrente desafios infindáveis.

Nifl, o reino do gelo, e Múspell, o reino do fogo.
Estas duas nações se enfrentavam até que as tropas de Múspell, lideradas por Surtr, o Soberano ígneo, arrebataram Nifl e deram um amargo fim ao conflito.

Fjorm, a princesa de Nifl, escapou da destruição de sua terra e conheceu os membros da Ordem dos Heróis em Askr.

Com a ajuda da Ordem dos Heróis, Fjorm não perde a esperança de restaurar a sua terra natal, mas as tropas invasoras de Múspell também chegaram em Askr...

A intensa batalha com Múspell chegou ao fim e a Ordem dos Heróis voltou para Askr. Não muito tempo depois, no entanto, os heróis são atacados por soldados de Hel, o reino dos mortos.

Enquanto Alfonse e os outros heróis se esforçam para expulsar as tropas de Hel, eles encontram os generais do reino dos mortos, guerreiros que afirmam ser os governantes lendários Líf e Thrasir.

Enquanto isso, Hel, a soberana do reino dos mortos, dá uma ordem derradeira à sua filha, a princesa Eir, em relação à Ordem dos Heróis: "Junte-se ao exército deles, Obedeça suas ordens de corpo e alma e entregue-se à sua causa por completo. Uma vez que tiver conquistado a confiança deles,... acabe com todos."

E assim Eir se junta à Ordem, mas seu olhar esconde uma profunda aflição....

Agora que a batalha contra o reino da morte chegou ao fim, a Ordem dos Heróis dirige-se a um vilarejo remoto para investigar relatos inusitados. Segundo os relatos, moradores estão sendo perturbados por pesadelos incessantes.

Ao chegar nas imediações do vilarejo, Alfonse e os outros sucumbem a uma sonolência que os leva a um estado de semiconsciência. É então que aparece Peony, uma radiante elfa da luz com a habilidade de conjurar sonhos agradáveis.

Com a ajuda desta nova aliada, a Ordem dos Heróis precisa se livrar desses seres das trevas e retornar à realidade.

Depois de escapar por pouco de um pesadelo inacabável provocado pelas dökkálfar, o reino de Askr volta a ser atacado. Desta vez, a Ordem dos Heróis e o invocador que os acompanha estão sob o cerco de Reginn, princesa de Niðavellir, o reino dos dvergar.

Enquanto o príncipe Alfonse se esforça para superar os ataques da dvergr em sua forte e ágil armadura seiðjárn, ele sente nela um momento de hesitação. É nesta hora que ela suplica: "Meu irmão, rei Fáfnir, ele é... Vocês precisam detê-lo!"

E com isso a Ordem dos Heróis une forças com Reginn, esta princesa de outro mundo, no intuito de acabar a guerra em Niðavellir.

O conflito com Niðavellir ficou para trás, e a Ordem dos Heróis parte para investigar uma misteriosa escuridão que assola uma aldeia em Askr. Durante as buscas, a Ordem encontra a princesa Veronica, que conta que um fenômeno parecido está acontecendo em Embla.

Com a ajuda de uma nova aliada na forma de Ash, criada do dragão divino Askr, príncipe Alfonse e os outros estão trabalhando para encontrar o que suspeitam ser a fonte da escuridão invasora: a dragão Embla.

Apesar de suas boas intenções e vontade de ajudar a Ordem, Veronica é obrigada por Embla a acabar com todos que ficarem ao lado de Askr. Agora a Ordem precisa lutar por um futuro em que o povo de Askr e Embla possam ficar lado a lado.

A Ordem dos Heróis finalmente conseguiu superar a feiticeira Gullveig! Mas quando parecia que nossos heróis haviam conseguido derrotá-la, Gullveig manipula o tempo para voltar à vida e mudar o destino da Ordem dos Heróis. A Ordem está à beira da aniquilação quando...

Ouvem uma voz familiar...

Ao abrir seus olhos, você se depara com rostos de aliados que acreditava estarem mortos. Em meio à confusão, a deusa Seiðr de Vanaheimr, o reino da luz, surge diante de você.

Seiðr explica que essa é uma visão do futuro. Ela traz um aviso: a invasão dos tempos já começou. O exército de Gullveig está avançando.

Chegou a batalha através do tempo!